ขีปนาวุธโดยทั่วไปมีหัวรบระเบิด ตั้งแต่หนึ่งหัวขึ้นไป แม้ว่าอาจใช้อาวุธประเภทอื่นด้วย หัวรบของมิซไซล์ให้พลังทำลายล้างหลัก (มิสไซล์จำนวนมากมีพลังทำลายล้างรองที่กว้างขวางเนื่องจากพลังงานจลน์สูงของอาวุธและเชื้อเพลิงที่ไม่เผาไหม้ซึ่งอาจอยู่บนเรือ) หัวรบโดยทั่วไปเป็น แบบ ระเบิดแรงสูงมักใช้ประจุที่มีรูปร่างเพื่อใช้ประโยชน์จากความแม่นยำของอาวุธนำวิถีเพื่อทำลายเป้าหมายที่แข็งกระด้าง หัวรบประเภทอื่นๆ ได้แก่กระสุนปืน , เพลิง , อาวุธนิวเคลียร์ , อาวุธ เคมี , ชีวภาพหรือรังสีหรือเครื่องแทรกซึมพลังงานจลน์ ขีปนาวุธ ไร้หัวรบมักใช้เพื่อวัตถุประสงค์ในการทดสอบและฝึกอบรม โดยทั่วไปแล้วขีปนาวุธจะถูกจัดประเภทตามแท่นยิงและเป้าหมายที่ตั้งใจไว้ ในแง่กว้างที่สุด สิ่งเหล่านี้จะเป็นพื้นผิว (พื้นดินหรือน้ำ) หรืออากาศ จากนั้นจึงจัดหมวดหมู่ย่อยตามระยะและประเภทเป้าหมายที่แน่นอน (เช่น ต่อต้านรถถังหรือต่อต้านเรือ) อาวุธหลายชนิดได้รับการออกแบบให้ยิงได้ทั้งจากพื้นผิวหรือทางอากาศ และบางส่วนได้รับการออกแบบให้โจมตีเป้าหมายทั้งบนพื้นผิวหรือทางอากาศ (เช่น ขีปนาวุธADATS ) อาวุธส่วนใหญ่ต้องการการดัดแปลงบางอย่างเพื่อที่จะยิงจากอากาศหรือพื้นผิว เช่น การเพิ่มบูสเตอร์ให้กับเวอร์ชันที่ยิงจากพื้นผิว