ในปี พ.ศ. 2563 นักอนุกรมวิธาน ได้ อธิบายถึงเชื้อราประมาณ 148,000 สายพันธุ์ แต่ความหลากหลายทางชีวภาพทั่วโลกของอาณาจักรเชื้อรายังไม่เป็นที่เข้าใจอย่างสมบูรณ์ ​​การประมาณการในปี 2560 ระบุว่าอาจมีระหว่าง 2.2 ถึง 3.8 ล้านสปีชีส์ จำนวนเชื้อราสายพันธุ์ใหม่ที่ค้นพบทุกปีเพิ่มขึ้นจาก 1,000 เป็น 1,500 ต่อปีเมื่อประมาณ 10 ปีที่แล้ว เป็นประมาณ 2,000 ชนิดโดยมีจำนวนสูงสุดมากกว่า 2,500 ชนิดในปี 2559 ในปี 2562 มีการอธิบายเชื้อราชนิดใหม่ 2425 และคาดว่ากว่า 90% ของ เชื้อรา ยังไม่ทราบ ในปีถัดมา มีการอธิบายถึง 2,905 สายพันธุ์ใหม่ ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดของชื่อเชื้อราชนิดใหม่ประจำปี ในเห็ดรา สปีชีส์มีความโดดเด่นในอดีตด้วยวิธีการและแนวคิดที่หลากหลาย การจำแนกประเภทตาม ลักษณะ ทางสัณฐานวิทยาเช่น ขนาดและรูปร่างของสปอร์หรือโครงสร้างของผล สปี ชีส์ยังอาจจำแนกตาม ลักษณะ ทางชีวเคมีและสรีรวิทยาเช่น ความสามารถในการเผาผลาญชีวเคมีบางชนิด หรือปฏิกิริยาต่อการทดสอบทางเคมี แนวคิดเรื่องสปีชีส์ทางชีววิทยา แยกแยะสปี ชีส์โดยพิจารณาจากความสามารถในการผสมพันธุ์ การประยุกต์ใช้ เครื่องมือ ระดับโมเลกุลเช่นการหาลำดับดีเอ็นเอและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ เพื่อศึกษาความหลากหลายได้ปรับปรุงความละเอียดอย่างมากและเพิ่มความทนทานให้กับการประเมินความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในกลุ่มอนุกรมวิธานต่างๆ